«Кадис» основан в одноименном городе в 1910 году. Прозвище команды совпадает с прозвищем ФК «Вильярреал»: оба клуба неофициально называются «Желтой субмариной».
До 1977 года команда выступала либо во втором, либо в третьем дивизионе Испании, и только в сезоне 1976/77 впервые в истории вышла в Примеру. Из-за финансовых проблем «Кадис» покинул элитный дивизион в 1995 году, затем на год вернулся в 2005 году и еще раз – спустя 15 лет, в 2020 году. После 16 тура в сезоне 2020/21 «Кадис» занимает 9-е место в турнирной таблице. Всего «Кадис» провел в Примере 13 сезонов.
В 2020 году главный тренер клуба – Альваро Сервера, 16 лет игравший за испанские клубы в низших дивизионах Испании. Сервера работает тренером с 2001 года, но его подопечные играли только во второй и третьей лигах. «Кадис» – первый клуб, с которым Альваро Сервера выступает в высшем дивизионе.